Prólogo
Dos años y medio después de la de la huida de Sasuke, Naruto regresa a Konoha después de haber estado todo este tiempo entrenando con Jiraiya para poder controlar adecuadamente el chakra de Kyūbi. En el anime se intercala una serie de sagas en este periodo que no aparecen en el manga, conocidas como relleno.
Vemos un Naruto que vuelve habiendo crecido en tamaño, fuerza y madurez, al igual que todos sus antiguos compañeros, como comprueba Naruto según se reencuentra con ellos, enterándose de que todos son chūnin e incluso jounin mientras él, al no haberse presentado a los exámenes, sigue siendo un genin. También nos presentan a un Sasuke corrompido por el sello de Orochimaru y a una Sakura convertida en ninja médico gracias a su entrenamiento con Tsunade.
Después de la fallida invasión de Konoha, y tras darse cuenta de la manipulación recibida, el país de la Arena es uno de los principales aliados de Konoha. Gaara es el nuevo Kazekage (kage de la Arena) y se ve cómo después de la batalla contra Naruto aprendió el valor de la amistad y a dejar atrás su rencor.
El enemigo principal de esta saga es Akatsuki, una organización de la que se va conociendo cada vez más datos, está formada por nueve poderosos ninjas, todos ellos ninjas renegados de sus respectivas aldeas, cuyo objetivo conocido es hacerse con los nueve bijū, uno de los cuales es el zorro de nueve colas encerrado dentro de Naruto. Orochimaru era el décimo miembro de Akatsuki pero la abandonó y no ha sido reemplazado, estando enfrentado con su antigua organización.
El secuestro de Gaara
Finalmente Akatsuki comienza a actuar y dos de sus miembros, Deidara y Sasori se dirigen a la Aldea Oculta de la Arena, con el fin de extraer el Shukaku a Gaara. Gracias a Yuura un espía que Sasori tenía dentro de la aldea, Deidara es capaz de infiltrarse dentro de ésta eliminando a los ninjas que vigilaban el cielo, una vez que llega al edificio del Kazekage, se topa inmediatamente con Gaara, dando inicio a un impresionante combate en el cielo, donde Gaara demuestra lo mucho que ha progresado, poniendo en muchas dificultades al miembro de Akatsuki llevándolo incluso a perder un brazo, fue entonces que Deidara decidió atacar la aldea para distraer al Kazekage y tenderle una trampa, ya que el Akatsuki previamente había creado criaturas de arcilla y arena ocultas en el escudo de Gaara, de esta manera lo derrotó y junto a Sasori huyeron del lugar. Kankuro los localizó, sin embargo, al enfrentarse a Sasori, no tuvo ninguna oportunidad ya que este es un maestro de las marionetas y logro envenenar a Kankuro, pero consiguió una prenda del Akatsuki que finalmente ocuparía el equipo Kakashi que se alió a la anciana Chiyo, abuela de Sasori, para encontrar la guarida del enemigo. Una vez allí, el equipo Gai se vio obligado a pelear con sus clones, mientras que Kakashi y Naruto fueron tras Deidara, quien tomó el cuerpo de Gaara y huyó, y la anciana Chiyo y Sakura se enfrentarían a Sasori en la cueva, esta increíble batalla culminó con la muerte del Akatsuki, la anciana Chiyo sumamente herida y una Sakura que demostró el gran nivel que adquirió entrenando junto a Tsunade, por otro lado el equipo Gai vence a sus clones y Deidara es atrapado por el Mangekyo Sharingan de Kakashi ayudando a Naruto a recuperar el cuerpo sin vida de Gaara, además Sakura, Chiyo y el equipo Gai llegan al lugar, forzando al Akatsuki a crear un clon de arcilla explosivo para poder huir. Finalmente la anciana usa su técnica de sacrificio usando el chakra de Naruto para salvar a Gaara, todos los ninjas de la arena que llegaron al lugar se alegraron de que su Kazekage estuviera con vida, pero a la vez hubo tristeza por la muerte de Chiyo que dio su vida por el kazakage, luego retornan a la aldea donde se le da una bienvenida a Gaara y se le rinden honores a la fallecida anciana.
El tan esperado reencuentro
Debido a que Kakashi queda recluido en el hospital, el equipo 7 queda corto en miembros. Tsunade asigna como líder provisional a Yamato, un capitán del ANBU que tiene el poder para suprimir el chakra del Kyubi dentro de Naruto en caso de que este pierda el control. Se une también como reemplazo de Sasuke un miembro de la división Raíz del ANBU, Sai. Su actitud inicial provoca que rápidamente se gane el desprecio de sus compañeros, y Naruto comienza a considerarlo un rival, como antaño lo hiciera con Sasuke.
Eventualmente, cuando se disponen a contactar con el espía de Sasori, descubren que se trata de Kabuto Yakushi, quien para entonces ya ha cambiado su lealtad y se ha convertido en la mano derecha de Orochimaru. Al encontrarse de nuevo con su amigo, Naruto intenta razonar con él, pero es inútil, por lo que la batalla no se hace esperar. Orochimaru, interesado en conocer el verdadero poder del jinchūriki comienza a provocarlo, por lo que Naruto eventualmente sucumbe a la rabia y libera la cuarta cola del zorro, poniendo en aprietos al sannin, que se ve forzado a retirarse. Sakura intenta calmarlo, pero estando fuera de control la hiere, por lo que Yamato se ve forzado a aplicar el sello del primer Hokage para suprimir el chakra y hacer que Naruto regrese a la normalidad.
La batalla queda inconclusa luego que Orochimaru y Kabuto decidan retirarse. Antes de volver a casa, Yamato le dice a Naruto que si realmente quiere proteger a sus amigos, es mejor que deje de depender del chakra del zorro en el combate. Porque si quieres alcanzar a sasuke alcánzalo con tu poder, míralo, pero con tu ojos. No con los del kyubi
Naruto, al sumergirse en un entrenamiento acelerado con Kakashi y Yamato usando el Kage Bunshin no jutsu para ganar experiencia más fácilmente e incrementar la velocidad de su entrenamiento. Su objetivo era desarrollar su habilidad sobre el chakra de viento, al que descubre que es afín, y perfeccionar así el Rasengan, para hacerlo mas poderoso. Durante este entrenamiento Kakashi muestra que puede usar el rasengan gracias a su maestro Minato Namikaze, Naruto descubrió la manera de poder unir el chakra sin perder la forma, usó clones de sombra; el primero inyecta el chakra, el segundo da la forma y el tercero se concentra en el viento, Cuando aún no ha dominado más que la mitad de la nueva técnica, el Fūton: Rasen Shuriken, participa en el combate que Kakashi mantenía contra Kakuzu. Al Probar su técnica en el Akatsuki, da como resultado la destrucción de dos de los tres corazones que le quedaban. El Akatsuki quedó totalmente inmóvil, y fue entonces cuando Kakashi lo remató con su raikiri. La técnica es de hecho tan destructiva, que puede lesionar gravemente el brazo con que Naruto la usa hasta poder dejarlo inservible; ya que corta con micro espinas, uno a uno, los nervios que unen las células, daño irreparable para la medicina ninja (Hasta para la Ninja Médico Tsunade). Por este motivo, Tsunade le prohíbe usarla de nuevo, ya que la tecnica produce una micro agujas y estas cortan las células y si le llegara a suceder eso perdera la manipulacion de chakra. Naruto, sin embargo, asegura conocer cuál es su límite y que la usará cuando proceda.
Tras la derrota de Hidan y Kakuzu, se dispone a buscar a Itachi Uchiha, tras enterarse de que Sasuke ha matado a Orochimaru, porque en Konoha suponen que es la mejor forma de reencontrarse con el vengador. Así pues, dos equipos de la aldea parten a la caza de Itachi: el formado por Naruto, Sakura, Yamato, Sai y Kakashi, junto al formado por Shino, Hinata, Kiba y Akamaru. El equipo se separa en partes para cumplir mejor con su labor de búsqueda. Naruto es organizado con Hinata y Yamato. Son interceptados por Kabuto, quien dice que quiere ser como Naruto, y que le entrega un extraño cuaderno donde asegura que hay todo tipo de información sobre Akatsuki que Orochimaru pudo recopilar con los años. Luego les revela que insertó los restos de Orochimaru en su cuerpo, para alcanzar un nivel superior.
Luego Naruto se encuentra sorpresivamente con Itachi quien le pregunta porque quiere salvar a Sasuke a lo que este responde que lo considera como un hermano y sin lugar a dudas él sería mejor hermano que Itachi, entonces Itachi desaparece velozmente. Después Sasuke tiene un pequeño encuentro con Itachi que le dice que vaya al escondite de los Uchiha, donde se realizara su encuentro final, sin embargo en el trayecto Sasuke se encuentra con un Kage Bunshin de Naruto y este da con la posición de Sasuke y se dispone a seguirlo.
Los ocho de Konoha (Naruto, Sakura, Kakashi, Sai, Yamato, Kiba, Hinata y Shino), en su búsqueda de Sasuke e Itachi, son de repente interceptados por Tobi, que se mofa delante de ellos acerca de la enorme inferioridad numérica a la que se ve sometido. Un Kage Bunshin de Naruto ataca por detrás a Tobi con un Rasengan, pero este le traspasa sin causarle ningún daño, de la misma forma que salió indemne del sablazo de Sasuke en el combate de este último contra él y Deidara.
La búsqueda de Sasuke
Posterior a eso Naruto ataca a Tobi desesperadamente pero este evita todos sus ataques con facilidad gracias a su técnica Suegin Rendan (técnica de espacio temporal). Los demás se alistan para atacar a Tobi, pero la aparición de Zetsu hace que Tobi se marche. Naruto ha fallado una vez más, y se lamenta de no poder haber sido capaz de llevar de regreso a Sasuke.
Después se observa a Naruto dormitando en su pequeña casa, a la vez que recuerda el encuentro que tuvo con Itachi Uchiha, justo antes de que este último se enfrentara a su hermano Sasuke. En dicho encuentro, Itachi le pregunta a Naruto, la razón por la que estima tanto a Sasuke, considerando que este huyó de Konoha y le abandonó no importándole la amistad que había entre ambos. De igual forma le plantea la posibilidad de que en un futuro Sasuke atacase Konoha, preguntándole sí estaría dispuesto a asesinar a su amigo con miras a proteger la aldea. El joven Uzumaki, responde molesto, que eso es imposible, ya que Sasuke jamás atacaría su aldea natal, y que, en caso de presentarse dicha situación, buscaría la forma de proteger la aldea sin tener que matar a su amigo. Itachi le responde que es aún un niño, ya que un ninja debe tomar decisiones difíciles sin entremezclar sentimientos; al tiempo que envía uno de sus cuervos genjutsu directamente a la boca de Naruto, diciendo que le ha dado parte de su poder, esperando que jamás tenga que usarlo. Finalizando todo con una sonrisa por parte de Itachi y un sorprendido Naruto. Para después, disponerse a dormir sin entender la razón por la que Itachi actuó de esa forma, aquel día.
La muerte de Jiraiya y el Código
Después de esto llegan a Konoha Fukasaku-sama, líder de los ermitaños sapos de la montaña Myouboku, junto a Gamabunta y otros sapos. Fukasaku es el maestro de Jiraiya, el que le enseñó el estilo ermitaño. Este le informa la muerte en combate de Jiraiya a Naruto. Él se enfada con Tsunade por haberlo enviado a esa misión, pero Iruka le recuerda que el ermitaño no sólo le veía como un alumno, sino como su nieto.
Mientras tanto Tsunade encarga a Shikamaru la tarea de resolver el código que Jiraiya escribió en la espalda de una rana justo antes de morir. Shikamaru trata de hablar con varias personas, entre ellas, Kakashi y Tsunade (los más cercanos a Jiraiya) para averiguar el significado del código. Sin embargo, no consigue nada y trata de hablar con Naruto, el cual está tan deprimido que ni siquiera le presta atención. Shikamaru lleva a Naruto hasta el hospital de Konoha donde se encuentran con Kurenai quien ya presenta un embarazo muy avanzado. Tras despedirse de ella Shikamaru le dice a Naruto que no puede estar toda la vida deprimido y que debe afrontar que se está haciendo adulto ya que hay personas que dependen de él, al final Naruto esboza una sonrisa de determinación. Además dentro de las pruebas que pudo conseguir Jiraiya antes de morir esta uno de los cuerpos de Pain, al cual le hacen una autopsia y tienen capturado uno de los ninjas de la aldea de la lluvia. Luego Shikamaru y Naruto se dirigen al lugar de decodificaciones, donde Naruto ve fijamente el mensaje de Jiraiya, y se da cuenta que uno de los números que parece nueve, en verdad es una letra "Ta" lo que lleva a pensar que la respuesta puede estar en los libros para adultos que escribía el sannin; En ese momento Kakashi se asoma por la ventana y cree que el libro clave para el acertijo es "Tácticas Icha icha" ya que ahí se usa la "ta" , luego con los números van buscando las páginas del libro; a Kakashi le da vergüenza leerlas ya que se tratan de partes obscenas, pero finalmente recolectan varias frases que por sí solas no dicen nada, pero si se toma la primera palabra de cada frase dice: "El verdadero no está entre ellos", los personajes no entienden el mensaje, pero deciden llevárselo a la quinta, para que esta le pregunte al maestro sapo, que también peleó contra Pain. (especulando puede ser que el verdadero cuerpo de Pain no sea ninguno de los 6 que pelearon contra Jiraiya, ya que el mismo, encontró raro que el joven que entrenó de niño y poseedor del rinnegan, no se parecía a ninguno de los otros cuerpos que usa Pain.) Luego cambian de escena, y aparecen conversando Pain, Konan y Tobi o Madara; Donde este último le dice que por haber matado a Jiraiya, Konoha lo perseguiría, y le comenta que el bijū de 8 colas lo iba a capturar Sasuke, a lo que Konan le pregunta si podrá hacerlo, y Madara le responde que él confía en Sasuke. Luego Madara se va y Pain se levanta y le dice a Konan que se prepare, ya que atacaran Konoha, y en ese momento aparecen los cuerpos de Pain y ahora hay uno nuevo, el de una mujer.
Fukasaku-sama lee el mensaje diciendo que todo está muy confuso, recordando lo que le decía Jiraiya a la hora del combate, por lo que para poder aclarar un poco el panorama tienen que esperar lo que diga las otras 2 pruebas, el interrogatorio y la autopsia. Fukasaku-sama le dice a Naruto que en este momento no puede hacer nada frente a Pain, por lo que le propone ir a entrenar en Myobokuzen, a lo que este acepta.
El entrenamiento con Fukasaku
Naruto antes de partir con Fukasaku, le pide a Shikamaru que descifre el código y se despiden de los demás y quedan en que ante cualquier información sobre el cuerpo enviado por Jiraiya se les será trasmitida a través de un emisario sapo dejado por Fukasaku. De forma inesperada Naruto aparece en Myobokuzen debido a una invocación inversa. Preguntándose qué había pasado aparece Gamakichi, ahora ya mucho más crecido, y le dice que él fue quién le invocó.
Después de haber comido comienza su entrenamiento, el Gran sapo le dice que su entrenamiento va estar basado en senjutsu y no en ninjutsu, luego de muchas explicaciones sobre el chakra, Naruto logra entender gracias a Gamakichi que el senjutsu es la fuerza externa que es extraída de la naturaleza y que hace aumentar el poder del chakra del ninja que lo utiliza más allá del límite propio del mismo.
Fukasaku regaña al hijo de Gamabunta, después de decir cosas incoherentes hacia Naruto, luego le explica que para poder manejar senjutsu, él debía ser uno solo con la naturaleza sintiendo el flujo a su alrededor, el viejo sapo le pone a Naruto un poco de su aceite, explicándole que es el método más eficiente de poder controlar el poder, pero le advierte que si tiene más chakra natural que físico y espiritual, se convertirá en un sapo, añadiéndole que Jiraiya no domino por completo aquella técnica, convirtiéndose algunas partes de su cuerpo en sapo (poseía un poco más de chakra de naturaleza, que físico y espiritual).
Naruto puede controlar senjutsu, y donde su apariencia de estado ermitaño comparado al estado normal no cambia mucho (apenas cambia la apariencia de sus ojos). Fukasaku le explica que con las técnicas ninjas normales se agota más que con las del modo ermitaño, porque en ese modo gasta la energía exterior (de la naturaleza) y en vez de cansarse, se recupera. El Jefe sapo le regala a Naruto el primer libro que escribió Jiraiya (La leyenda del ninja Audaz).....
Naruto, lee el libro donde él ve a un personaje muy similar a él, este personaje es de nunca rendirse y recuerda el compromiso que adquirió con Jiraiya, de cambiar el mundo y nunca sentirse vencido. Una vez maneja el chakra de la naturaleza a la perfección con ayuda del aceite, Fukasaku encamina el entrenamiento a conseguirlo sin él. Sin embargo Naruto no logra concentrarse adecuadamente, para lo cual el maestro de Jiraiya, Fukasaku le conduce a una elevada y peligrosa plataforma, donde tendrá que sostenerse sobre una piedra que está en la cima de una especie de pilar en forma de aguja, para poder estar en contacto con el flujo de la naturaleza y así no poder caerse.
Al final de un duro pero corto entrenamiento, Naruto puede usar el modo ermitaño sin el aceite. Fukasaku le dice que para aquellos con el poder de las ranas, deben lavar sus ojos periódicamente y comienza a entrenar en el estilo de lucha ermitaño. Naruto tiene más talento que Jiraiya, aunque Naruto entrena en la noche a escondidas de Fukasaku por sentir que no es lo suficientemente bueno; cosa que aparentemente es muy nociva, ya que se había olvidado del consejo que le dio el sapo ermitaño y sus ojos han cambiado. Al terminar el entrenamiento con Fukasaku; este le dice que para poder usar el Senjutsu habrá que estar inmovilizado un cierto tiempo al comenzar el combate, cosa que es imposible sin algún compañero luchando al lado. Así que Fukasaku le dice que este tendrá que fusionarse con él, aunque sólo se fusionará con su medula espinal, como hacía tiempo atrás con Jiraiya; y así uno de ellos podrá estabilizar el chakra, mientras el otro combate, pero resulta imposible porque el Kyubi rechaza a Fukasaku y no lo deja fusionarse con Naruto, así que este empieza un entrenamiento que su maestro sapo asegura es imposible, juntar chakra natural en movimiento.
Pain y Konan invaden Konoha
Mientras Naruto es entrenado en el senjutsu, Konoha es atacada por Pain (con todos sus cuerpos) y Konan, en busca del Kyūbi sellado en el interior de Naruto. Ante la destrucción causada por los cuerpos de Pain, Tsunade envía un mensajero sapo a alertar a Naruto y Fukasaku, pero este no llega a partir, pues Danzou lo asesina con el objetivo de mantener el Kyuubi fuera de Konoha. Mientras tanto Naruto sospecha que algo ocurre en Konoha; aunque Fukasaku le dice que si algo hubiese ocurrido, un sapo, ya les hubiese avisado. Luego de practicar la fusión, este y Fukasaku fracasan al descubrir que el Kyūbi repele al sapo. Naruto afirma entonces que la única solución posible para él es aprender a reunir la energía natural mientras se mueve, a lo que Fukasaku le responde que es completamente imposible. Naruto, sin embargo, se fija en el código que el sapo lleva grabado en la espalda y recuerda a Jiraiya y su camino del ninja: nunca rendirse, y proclama que no desistirá hasta conseguirlo. Más tarde este continúa entrenando para reunir energía natural mientras se mueve, pero no logra dominarlo por completo ya que sus partes se convierten en rana y enseguida Fukasaku le dice que es imposible pero Naruto no se quiere dar por vencido. Fukasaku le dice que es como mirar a la derecha y la izquierda a la vez, y gracias a eso Naruto tiene una idea.El utilizar los clones de sombra para que recolecten la energia natural mientras el original pueda moverse.Estos clones se quedan en Myobokuzan y son invocados por Fukasaku con un pergamino especial hacia el lugar de la batalla y naruto pueda utilizarlos para mantener el modo ermitaño.
Durante el mismo ataque de Pain contra Konoha, Fukasaku y Naruto son informados que el nombre de la rana que les avisaría que se necesitaba a Naruto en Konoha fue borrado de la lista, con lo cual descubren que Konoha está en problemas, mandan a una rana en busca de Shima, y realizan una invocación, al parecer gigantesca, ya que se necesita de los tres para la invocación. Sakura llora pidiendo que Naruto regrese a salvar a la aldea. Así, el aparece montado sobre Gamakichi que a la vez está montado sobre Gamabunta que tiene a los lados a los sapos más grandes que se han invocado en la historia (Gamaken y el sapo destructor en pie, Hiro); al llegar a lo que queda de Konoha, Naruto no reconoce el lugar pero lo haría gracias a Shima y esto desata su furia. Al verlo, Pain le responde al jinchūriki que le ha ahorrado muchos problemas al no tener que ir a buscarle. Al ver que el camino de los Demonios se disponía a atacar a Tsunade, quien se encontraba cansada luego de usar el Ninpo Souzou Saisei, Naruto interviene desplazándose a una increíble velocidad hasta él y lo destroza con un poderoso puñetazo sobre este, para asombro de todos, preparándose para luchar contra los demás Pain.
Los 5 Pain restantes se desplegaron alrededor de Naruto dispuestos a atacarlo, en ese momento Naruto le dice a Gamakichi que lleve a Tsunade a un lugar más seguro, ya que si Naruto pelea con Pain y a la vez protegiendo a los que lo rodean le sería más difícil luchar. Tsunade le dice a Naruto que se lleve a Katsuyu, Fukasaku ayuda y le dice a Katsuyu que se esconda en el bolsillo de Naruto para que así le brinde la información de lucha de Pain. Naruto en esos momentos siente la energía natural de todos en la aldea, sin embargo, no se da cuenta de la presencia de Kakashi, pensando que el está en una misión fuera de Konoha, y le pregunta a Tsunade sobre su paradero. Al ver a Tsunade callada, Naruto se da cuenta de que podría estar muerto diciendo: "Ya veo...". Naruto enojado le ordena a Gamakichi que se vaya lejos con Tsunade, en ese momento el Pain Invocador utiliza un Kuchiyose e invoca a un gran rinoceronte que va directo hacia a un Naruto muy enfadado. Naruto desvía el ataque del rinoceronte haciéndolo volar. Mientras tanto, Gamakichi y Tsunade van donde Sakura. Naruto va directo donde el rinoceronte y lo levanta con una fuerza increíble, llegando a eliminarlo. Pain invocador utiliza de nuevo el Kuchiyose llegando a invocar a un buey y a un lobo gigante a la vez. Fukasaku y Shima se lanzan al ataque con su poderoso genjutsu, el canto de los sapos ermitaños llegando así, a aturdir a las invocaciones. Naruto utiliza su kage bunshin y realiza su nueva técnica en modo ermitaño, Senpō: Ōodama Rasengan Con sus kage bunshin logra hacer 2 Senpō: Ōodama Rasengan al mismo tiempo y los lanza a las bestias invocadas. Fukasaku llama a los 3 sapos guardianes: Bunta, Ken y Hiro (Gamabunta, Gamaken y Gamahiro) para que destruyan a las invocaciones que aún quedan consientes mientras Naruto se enfrenta a uno de los 5 Pain restantes. Katsuyu que se encontraba en su bolsillo, sube al hombro de Naruto y le dice que el Pain con el que se enfrenta puede absorber cualquier técnica ninja. Naruto no lo piensa 2 veces y decide usar las "Katas de los sapos" (es la energía natural que rodea a Naruto, que aumenta el rango y el poder de su Taijutsu). Naruto se abalanza contra Pain y le da un duro golpe que lo hace volar por los aires y lo deja moribundo, mientras que Naruto sigue en pie e ileso. Bun, Ken y Hiro se disponen a atacar a las invocaciones haciendo que estos desaparezcan, pero una de las invocaciones que aún no desaparecía quedaba en pie, y Gamabunta lo remata con su sable. Fukasaku explica que Naruto en modo ermitaño es mucho más peligroso y sus ataques tienen más poder, rango y agilidad que, en consecuencia, logra anticipar los golpes o ninjutsus antes que el mismo oponente. El Pain "dios" creía que Naruto había rechazado el ataque y se sorprende mientras ve a Naruto enfurecido y en olas de ira. El enfrentamiento entre Naruto y Pain aún no acaba y Naruto decide terminar de una vez por todas con su nuevo jutsu. Naruto enfurecido crea dos Kage Bunshin para hacer su nueva técnica, y Pain le confiesa que Jiraiya también fue su maestro y le enseñó varias técnicas, después de esto Naruto forma el Fūton: Rasen Shuriken ya perfeccionado y se lo lanza a los cuerpos de Pain, estos se disponen a esquivarlo pero para su sorpresa el Rasen Shuriken empieza a aumentar su tamaño, derrotando así al Pain del camino de los humanos, el Pain del camino de los animales con un Kuchiyose invoca a un ave que se abalanza contra Naruto, pero logra esquivar el ave. En ese instante, Shima lanza una nube de polvo sobre los Pain y Bunta se mete a Naruto y el Pain de los Animales en la boca, y Naruto le golpea varias veces para luego usar el Rasenrengan (un Rasengan en cada mano), terminando con ese cuerpo de Pain.
Después Gambunta arroja el cuerpo de Naruto y el de Pain de los animales pero este ya está muerto, Naruto al haber perdido el estado ermitaño lucha cuerpo a cuerpo con Pain del reino de dios, pero Gamabunta lo defiende, Fukasaku invoca a uno de los dos clones que Naruto dejó preparados recolectando energía, mediante el pergamino que traía Naruto, este clon se deshace y le otorga toda la energía al Naruto original, así Naruto se convierte nuevamente en modo ermitaño y decide utilizar de nuevo el futon: rasen-shuriken contra Pain del reino de los cielos, pero en ese momento llega el Pain que absorbe energía y cancela el ataque, Naruto se da cuenta de que un Pain lo ha revivido, los Pain restantes adoptan una formación para proteger al Pain que revive. Naruto utiliza nuevamente un futon: Rasen-shuriken, pero este al llegar al Pain absorbedor se convierte en un clon y lo empuja contra el piso golpeándolo en el acto y Naruto manda el verdadero futon sobre Pain-Yahiko que, recupera sus poderes y lo repele. Naruto aparece por detrás del Pain resucitador y lo destruye con el Rasenrengan. Luego Naruto se prepara para acabar con el Pain que absorbe cualquier ninjutsu pero en ese instante Pain del reino de los dioses manda a volar a ambos Naruto, Naruto se da cuenta del intervalo de 5 segundos entre cada shinra tensei, Fukasaku le dice a Naruto que la única opción para poder distraerlo era usando la misma ilusión usada en la batalla de Jiraiya (tsukudome) pero en ese mismo momento Naruto es atraído por la técnica de atracción de Pain y luego atrapado por el Pain de los fantasmas hambrientos y este le succiona su chakra en modo ermitaño atrapando a Naruto, por ultimo Pain del reino de Dios dice que la captura del Kyūbi esta completa.
No obstante, Naruto se niega a ser atrapado y se resiste. Sigue usando el chakra de ermitaño para que el Pain del reino de los fantasmas hambrientos se quede petrificado convertido en un sapo. Liberado de su aprisionamiento, Naruto rompe el cuerpo petrificado del Pain de los fantasmas hambrientos mientras Fukusaku y Shima preparan el Genjutsu, pero el Reino de dios se adelanta a ellos y usa su técnica para atraer hacia sí a Fukusaku y romper el Genjutsu. Entonces atraviesa a Fukusaku con un pincho. Naruto no pudo ayudarle y, enfurecido, se lanza sobre Pain, que le tira en cara a su maestro sapo ermitaño para desconcentrarle, lo atrae hacia sí y le tira al suelo para luego ensartarle las manos. Naruto, furioso, le pregunta por qué hace lo que hace, a lo que Pain le dice que puesto que la captura de Kyūbi está completa no ve motivo para no charlar un rato con el ninja de Konoha. En ese momento Pain explica a Naruto que Konoha degradó la villa de la Lluvia, justificando así la destrucción de la Hoja, con esto se ve a un Naruto desmoralizado por las atrocidades comentadas por Pain. Asimismo le menciona que ambos son iguales y que sufrieron por igual aparte de haber tenido al mismo maestro. Pain le dice que es justicia lo que esta haciendo, pero Naruto le dice que eso no justifica nada a lo que Pain le dice que con sus poderes en sus manos podrá destruir países enteros. Luego se ve al Pain original (Nagato) en una máquina que lo sostiene, y aparenta que haya sufrido algún accidente, luego dice que la paz eterna se acerca mientras gime por la gran cantidad de chakra que ha gastado en la pelea con Naruto. Naruto cierra sus ojos y piensa en la respuesta de como romper el círculo de la venganza.
No encuentra respuesta, pero recuerda que Jiraiya creía firmemente en que las personas llegarían a entenderse algún día y afirma nuevamente que su idea de paz es una gran mentira. Pain le clava varios puñales suyos por el cuerpo y se dispone a llevárselo. Shima le grita a Naruto que no se rinda, que Fukasaku y Jiraiya creían firmemente en él. Pain empuja a Shima y se dispone a llevarse al ninja, pero entonces aparece Hinata y confronta a Pain. En ese momento, Naruto intenta persuadir a Hinata de no pelear contra el Akatsuki, pero Hinata esta segura de ello; en ese momento Hinata le dice a Naruto que el fue quien le enseño el camino correcto, y por lo cual no tiene miedo de morir protegiendolo; al decir esto, Hinata le confiensa su amor a Naruto y se dispone a atacar a Pain con el Juho Soshiken, pero Pain-Yahiko contrarresta la técnica con un Shinra tensei, dejando inconsiente a Hinata. Al ver esto, Naruto libera 6 colas del Kyubi, mientras que Katsuyu le informa a Shikaku, Inoichi y los demás. pero el sello implantado por Yamato y Kakahsi trata de controlarlo, aunque resulta inutil ya que Naruto destroza el collar de Tsunade. En ese momento, Naruto ataca a Pain, y este intenta defenderce con el Shinra tensei, pero el Kyubi se lo devuelve ejecuntando una explosión. Un Hyuuga le dice a Sakura que Hinata ha ido a proteger a Naruto, Mientras tanto, Yamato, Sai y Anko, estan tratando de ubicar a Kabuto, y Yamato percibe que el sello se rompió y que Naruto liberó 6 colas, haciendo que el grupo regrese a Konoha. Luego, Kou, avisa que Naruto liberó 6 colas y Sakura intenta contactar con Yamato para ir a la busqueda de Hinata. En ese instante, Yahiko se dispone a huir ya que el poder del Kyuubi es superior, pero este le persigue, obligando a Yahiko que ejecute el Chibaku Tensei. Pain al ejecutar esa técnica atrapa a Naruto en una colosal esfera de tierra con ayuda de la gravedad, en ese momento aparecen 8 colas del Kyūbi. En la mente de Naruto, él está totalmente desmoralizado, confundido y desesperado, Kyūbi aprovecha esta situación para que Naruto retire el sello. Estando casi a punto de hacerlo, aparece Yondaime a detenerlo diciéndole que él programó el sello para aparecer cuando fuesen liberadas 8 colas. Al decir esto, menciona que es desagradable ver a Kyūbi otra vez, pero está feliz por ver a su hijo aunque sea en una circustancia como esa. Yondaime le cuenta que es su padre, Naruto se pone a llorar de alegria, y le da un golpe en el estomago, preguntándole el por qué había sellado al zorro-demonio dentro de su propio hijo, Minato le explica que él selló la mitad del chakra del Kyuubi en su interior por que cree que su hijo puede controlar a la bestia, también le explica que 16 años en el pasado cuando kyubi ataco Konoha, había alguien controlándolo; Naruto le pregunta que si fue Pain, y él responde que fue un hombre de Akatsuki que traía puesta una máscara, Naruto inmediatamente recuerda a Tobi. El cuarto Hokage le dice que este es un ninja extremadamente poderoso y que para pelear con el se requiere un sinfín de habilidades, y seguramente volverá a atacar.
Yondaime le dice que confía en el para levantar Konoha nuevamente, y argumentando que su chakra esta por terminar, se despide reforzando el sello en su estómago, diciendo que esa sería la última vez, el joven ninja se despide de su padre diciéndole un emotivo "Gracias Papá" y después aparece fuera del Chibaku tensei de Pain en modo ermitaño dispuesto a terminar con la batalla. Entonces, Naruto escapa del Chibaku Tensei en modo Sennin Nagato vuelve a toser sangre y la esfera de tierra se empieza a desmoronar. Naruto se da cuenta de que al convertirse en kyuubi, su clon que reunia energia natural desapareció porque su chakra se alteró. Pain se sorprende de que Naruto salió del estado Kyubi y más aún que está en modo Sennin, Naruto mira hacia la aldea completamente destruida y recuerda a Hinata herida y pregunta como pasó todo eso.Katsuyu le dice que él hizo eso a la aldea en estado kyuubi, pero que todos los aldeanos están bien, argumentando que tuvieron mucha suerte. El equipo de Gai llega a la hoja y ven a Hinata herida; Tenten dice que está muy grave, pero que con atención médica inmediata se salvará. Mientras Neji intenta encontrar ayuda con su Byakugan, Gai recuerda que Gamabunta le dijo que Akatsuki ataco la aldea, y Lee encuentra a Ma rana herida. Naruto confronta a Pain, diciéndole que quiere hablar con el verdadero (Nagato) cara a cara, a lo que Pain responde que ya no servirá de nada hablar. No obstante, Naruto tiene una idea de como encontrar el verdadero cuerpo, por lo que, tras lanzar al Pain Yahiko contra una piedra de una patada, rompe un pedazo de su espada negra y se hiere el hombro derecho, localizando así la ubicacion de Nagato y Konan. Naruto crea dos Kage Bunshin y lanza un Futon: Rasen-shuriken contra Pain, quien lo evita con su Shinra Tensei, pero no se da cuenta que era un shuriken sombra y así, sabiendo Naruto del intervalo de tiempo de cinco segundos del Shinra Tensei, lanza el otro y verdadero Rasen-shuriken que se dispone a impactar contra su enemigo. Pain trata de esquivarlo, pero dos clones previamente camuflados como escombros tratan de agarrarlo por los tobillos, sin embargo, Pain los apuñala con sus lanzas negras, entonces el lo esquiva y le dice que ah fallado los dos ataques. Naruto pierde el modo Sennin, muchos Kage Bushin tambien camouflados como piedras atacan a Pain, pero el lapso de 5 segundos del Shinra Tensei llega al limite y vuelve a usarlo para mandar a volar todos los clones, estos se reagrupan y sujetan al verdadero Naruto para que resista el ataque de Pain, este le grita a Naruto que si no tiene la respuesta, que entonces se rinda y Naruto recuerda a Jiraiya y a su padre diciéndole que creen en él y a Kakashi argumentándole que él es el único que puede superar al Cuarto. Y así Naruto resiste el ataque con 2 kage Bushin, Pain le vuelve a decir que se rinda y derepente se arrodilla agotado, entonces Naruto comienza a hacer un simple Rasengan, Pain piensa que no puede repeler ese ataque ya que necesita de 5 segundos para volver a hacer el Shinra Tensei, pero que Naruto no podría darle a causa de la distancia tan grande que hay, entonces Naruto le grita a él que se rinda y siendo lanzado por sus clones, impacta con su técnica a Pain derrotandolo, después, Naruto retira las estacas negras del cuerpo de Pain para evitar que vuelva a levantarse, y va en busqueda de Nagato argumentando que no quiere ayuda de nadie, y que quiere ir solo. Al llegar a su escondite, Nagato lo recibe y le dice a Konan que se aparte, pues su batalla final va a comenzar.
Encuentro entre Naruto y Nagato [editar]
Es entonces que Naruto se aproxima a Nagato y recuerda todos los puntos importantes por los que se encuentra ahí, como son el ver el cuerpo de Jiraiya y de Kakashi, así como las palabras de Pain y de su padre; Nagato aprovecha que Naruto se acerca a el para lanzarle una estaca y controlarle, y sin embargo, no lo puede controlar pues los poderes del Kyūbi y los del modo Sennin se mezclan en el y Nagato se da cuenta que no esquivó su estaca a propósito y sin embargo Naruto le dice que solo ha ido para hablar aunque expresandole que sigue odiandolo le manifiesta que al principio Jiraiya le habia dicho que algun dia se entenderían y el no lo creyó, y penso que seria una tarea facil, y sin embargo, no lo era, y Nagato le dice que todos los pensamientos de Jiraiya eran irreales, es entonces que Naruto le pide a Nagato que le cuente su historia, y como es que su estudiante terminó siendo lo que el ahora es, y es entonces que Nagato le cuenta las dos razones por las que se convirtió en lo que es; las cuales fueron el ver como ninjas de Konoha asesinaron a sus padres confundiendolos con el enemigo, de como el conocio a Konan y Yahiko a causa de la guerra, así como el porqué Pain llegó a tener el sueño de conquistar el mundo, y la segunda fue el dolor causado por el perder a Yahiko su unico amigo a manos de el mismo al haber sido obligado y traicionado por Hanzou, el lider de la aldea de la Lluvia; lo que ocasionó que el despertara el Rinnegan al maximo y Naruto, al escuchar su historia le expresa que a pesar de que todavia lo odia por destruir la aldea de Konoha, cree en las palabras de Jiraiya y por lo tanto, decide perdonarle la vida a Nagato pues asegura haber superado el dolor. Es entonces que Naruto le dice a Nagato que al asesinarlo no se conseguiría la paz y Nagato le responde que no se conseguiría la paz mientras todos vivan en ese mundo, a lo que Naruto responde que si es que la paz existe, el va a encontrar el modo de encontrarla y no renunciará, entonces Nagato se queda pasmado, pues esa era una frase que se enontraba en el primer libro de Jiraiya, y que el personaje principal estaba basado en Nagato, y al protagonista le habia puesto el nombre de Naruto, y por lo tanto, Naruto no dejaria que ese buen recuerdo de Jiraiya se perdiera en el olvido, puesto que este confiaba en el, es entonces que Nagato le dice que el tambien confia en el, y separa sus manos de la maquina en la que estaba postrado, y las coloca en posicion para crear un jutsu, el Gedo Rinne Tensei, con el cual, utilizando sus capacidades de séptimo Pein, revive a todos los asesinados en la invación a Konoha, Kakashi, Fukasaku y Shizune entre otros, pero a costa de su propia vida; y es cuando muere, que Konan le manifiesta que ella tambien confia en el, y con su tecnica de origami, le da un ramo de flores que simbolizarían la flor de la esperanza. Mientras Sasuke Uchiha se prepara para atacar Konoha.
